Der Ursprung der Freidenkenden geht auf die Philosophie der Antike zurück, welche als erste die Wirklichkeit ohne Zuhilfenahme von Göttern erklärte. Bereits damals führte das Infragestellen von Gott und Göttlichkeit zu drastischen Strafen. Im Zuge der Aufklärung, war Gottfried W. Leibniz 1715 einer der ersten der den Begriff «Freidenker» verwendete.

In der für ihre erste Universität (1460), die Gutenbergsche Buchdruckkunst (1464) und den Philosophen Nietzsche (1882: «Gott ist tot») bekannten Stadt Basel wurde 1902 die «Freigeistige Vereinigung Basel» und 1909 der Schweizerische Monistenbund Basel um August Forel gegründet. Dieser übernahm 1915 die Zeitschrift «Der Schweizer Freidenker» als Mitgliederorgan und schloss sich 1920 mit dem «Deutsch-Schweizer Freidenkerbund» zusammen.

1930 kam es aus Kreisen der Arbeiterschaft zur Gründung des «Proletarischen Freidenker-Verbandes Schweiz» in Basel. 1933 wurde in Basel-Stadt gegen Widerstand das obligatorische Schulgebet abgeschafft. Nach der Machteroberung der Nationalsozialisten, welche die deutschen und österreichischen Freidenker-Organisationen zerschlugen, publizierten viele betroffene ausländische Freidenker ihre Artikel im Schweizer «Freidenker».

Mit dem Kalten Krieg (ab 1947 bis 1989) führten unterschiedliche gesellschafts-politische Ansichten zur Spaltung in 2 Vereine: «Union Schweizer Freidenker» (USF) und Freidenker-Vereinigung Schweiz (FVS).

1980 schlossen sich diese gesamtschweizerisch zusammen. 1983 strich die Union Schweizerischer Freidenker (USF) in ihrem Namen den gesamtschweizerischen Anspruch und nannte sich fortan «Freidenker-Union Region Basel» (FU). 2014 entstanden durch die Fusion die «Freidenkenden Nordwestschweiz.»